Przedmiotem projektu była wymiana nieszczelnej, dziurawej połaci dachu a także bardzo zniszczonych rynien i rur spustowych, które nie chroniły murów i wnętrz klasztornych przed nadmiernym zalewaniem deszczówką. Projekt zrealizowano w pełni w latach 2005-2010 dzięki wsparciu Funduszu Kościelnego Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji, Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz Urzędu Marszałkowskiego Województwa Małopolskiego.